「くしゃみ」の止まらないベルダンディーの為に薬屋に行った螢一は、アヤシイ店員（？）から怪しげな薬とビデオテープを渡される。 いぶかしながらも自宅でビデオを再生する螢一。しかし、ブラウン管から現れ出たのは映像ではなく、ベルダンディーの姉「ウルド」であった。 ウルドは、螢一とベルダンディーの契約で生じた「問題」を修正する為に降臨し、その「問題」とは最悪の場合、ベルダンディーが強制送還される程の事態、と告げる。驚きながらも、その解決法をたずねる螢一。ウルドが伝えたその解決法とは、螢一の遺伝子情報をベルダンディーからユグドラシルへ登録させる・・・すなわち、ベルダンディーと「キス」する事であった。
バレンタインデーを知らなかったベルダンディーからチョコがもらえず、落ち込んでいる螢一。そんな螢一を心配するベルダンディー見て、恵は２人の手助けをする事に。そこで恵は、ベルダンディーに＜バレンタインのチョコは「男性にとって特別」＞であり、ムードのある場所でチョコを渡せば螢一は元気になれる、と入れ知恵する。早速、手作りのチョコを用意したものの「ムードのある場所」が全く判らないベルダンディー。「ムードのある場所はどこでしょう？」という質問を、あろう事か沙夜子にたずねてしまう。「好機！」とばかり、彼女は学園一のプレイボーイ・青嶋を紹介した上で、ベルダンディーを「ムードのある場所（ラブホテル）」で青嶋に弄ばれるよう仕向けるが、結局ベルダンディーの法術で、哀れ青嶋は撃退されるハメに・・・。それを知った恵は、今度は「螢一が喜ぶ場所」へ連れ出すようベルダンディーをうながす。晴天の日曜、「モーターバイクショー」でデートする２人。当初は、楽しい時間を過ごしていた螢一とベルダンディであったが、楽しそうにメカとふれあう螢一の「自動車好き」を、「あらぬ方向」へ勘違いしてしまった彼女は、螢一を見当違いのデートスポットへ次々と案内してしまう・・・。
ある朝、森里家の家計は危機に陥った。つまりは「お金がない」のだ。そんな時、森里家に来たのが螢一の妹、恵だった。恵は４月から大学に通うため、アパート探しに来たという。そして赤貧にあえぐ蛍一達は、恵から「実家の新鮮な食料」を提供してもらい、代わりにアパート探しを協力する事に。しかし、無茶な条件ばかり言う恵に、蛍一は困惑するばかり。それでも、なんとか見つかった物件は、料金・環境は良心的なれど＜いわく付き＞の部屋で、ベルダンディーはそこに＜なにか＞がいると察知する。それは、地脈に杭を打たれ、力を失った「地霊」だった。
蛍一の忘れ物の為に、1人で家に戻るベルダンディー。彼女の帰りを待つ螢一は、沙夜子から「ベルダンディーはどうしたの？」と尋ねられる。一緒に住んでいる事がばれた挙げ句「何もないの？」と沙夜子に聞かれ、改めて、ベルダンディーを意識する蛍一。早速、彼女に自分の気持ちを伝えようと悪戦苦闘する螢一だったが、彼の不審（？）な行動に、ベルダンディーは「病気か」と勘違いし、寝かしつけようとする。それでも何とか誤解を解き、気持ちを伝えようとする螢一だったが・・・。
螢一と共に猫実工大にやってきたベルダンディー。その「あまりにも麗しい」容姿の彼女に、群がってくる男たち。そんな折、「学園の女王」と呼ばれ、ライバル意識を燃やす沙夜子と、ベルダンディーのせいで自分の受講生が減ってしまった大沢教授の二人は、結託してベルダンディーを大学から追い出そうと策略する。 しかし、その策略は自動車部のみんなの協力で、何とか阻止する事に成功。しかし、沙夜子は諦めず螢一を誘惑しようとするが・・・。
車内で夜を過ごした螢一とベルダンディー。今度はちゃんとした新居を探そうと不動産屋を回るが、予算的問題でなかなか物件が見つからない。「螢一を助けたい」という気持ちから、ベルダンディーが精霊に祈りを捧げると、二人はあるお寺へと導かれていく。そこで出会ったのが、その寺の和尚。事情を話した所、彼は「寺の仕事を手伝う代わりに晩飯と寝床を保障してやる」というではないか。早速、仕事を手伝う二人。だが、屋根から誤まって落ちた蛍一を助ける為、法術を使うベルダンディーを見ていた和尚は、彼女の事を物の怪の類だと勘違いをする。
突然現れたベルダンディー。彼女は「あなたの願い事をひとつだけ叶えます」と言う。しかし螢一は「これは、先輩たちの悪戯では」と疑い、どうしても信じる事ができない。それでも、真っ直ぐでひたむきなベルダンディーに、いつしか心惹かれる螢一。ついに彼は、「君のような女神にずっと側にいて欲しい・・」と言ってしまい、結果、願いは受理される事になってしまう。今後の二人の生活を妄想していた螢一だったが、そこへ先輩たちが帰宅して、二人とも見つかってしまう。結局、女性禁制の寮を追い出されてしまった螢一とベルダンディーは、今日のねぐらを探す事に・・・。
大学での新たな生活へ期待に胸膨らませていた螢一。しかし、現実は何をやってもツキがなく、部活や恋愛など何かとトラブルがつきまとう。実は、そんな彼の頭上に輝いていたのは「不幸の星」であった。ある日蛍一は、寮の先輩達から留守番と一緒に、山のような仕事を押し付けられ、途方にくれる。それでも、前向きに頼まれた用事を片づけていく、お人よしな螢一。そして最後の用事を片づけようとかけた1本の電話。しかし、受話器の向こうから返ってきた言葉は、なんと「こちら、お助け女神事務所です」の一言だった。
花火を上げても「めんま」は消えなかった。その事実に呆然とする「じんたん」。うなだれる超平和バスターズの面々。何も知らない聡史は、「じんたん」たちに今日のことに対して感謝を告げる。
とうとう明日に迫った「めんま」の願いを叶える日。そのことを仏壇に手を合わせて「じんたん」の母親に報告する「めんま」は、ふと見た自分の手が、薄く透けはじめていることに気付く。その手を見つめる「めんま」は…。
目の前に差し出された蒸しパンを見て、動揺しながらも「めんま」の存在を信じる「あなる」たち。しかし「ゆきあつ」は、「じんたん」にしか「めんま」が見えないということに複雑な想いを抱く。
花火を上げることを「めんま」の父親に反対されていたと知り、ショックを受ける「じんたん」たち。どうにか「めんま」の願いを叶えたいと、「めんま」の母親を説得しようと試みるが…。
秘密基地に家出してきた「あなる」に「じんたん」は、ずっと学校を休むことなんて出来ない、家出なんてずっと続くわけがないと話す。それと聞いた「あなる」は「じんたん」は昔と変わらないと告げる。
「めんま」を成仏させるために、「じんたん」は学校へ行くことを再び決意する。しかし「めんま」には無理して行くことはない、怖い顔をしていると心配されてしまう。
「ゆきあつ」が見たという「めんま」は「ゆきあつ」自身が女装した姿だった。その事実に戸惑いを隠せない「じんたん」たち。「じんたん」は倒れたまま動かない「ゆきあつ」に声を掛けるが…。
「ゆきあつ」から「めんま」を見かけたと告げられた「じんたん」たち。隣に「めんま」がいるのにと訝しむ「じんたん」だったが、真相を確かめるために、皆と一緒に「めんま」を捜しに向かう。
「めんま」の願い事が、もしかしたら『「じんたん」が学校へ行くこと』かもしれないと思った「じんたん」は、「あなる」との約束も兼ねて、学校へ登校することを決意する。
秘密基地で再会した「ぽっぽ」に「じんたん」は、「めんま」が願いごとを叶えてほしいと自分の前に現れたことを正直に打ち明ける。それを素直に信じた「ぽっぽ」は、「じんたん」にアドバイスするのだが…。
引き篭もり気味の主人公「じんたん」の前に、幼馴染みの少女「めんま」が突然現れる。自分の願いを叶えて欲しいと頼む「めんま」に途惑う「じんたん」は…。
世界樹の魔力を安定させるため、妖魔界から去らなければならなくなってしまった直哉と明日葉。せめて思い出だけでも持ち帰ってもらおうと、ロッテは直哉をデートに誘う。夜の遊園地で過ごす最後の時間を心ゆくまで楽しむ２人。既に言葉は通じなくなってしまっていたが、気持ちは通い合い、お互いを想う心はひとつになっていた。いつか必ず再会することをロッテと約束し、直哉は明日葉と共に人間界へと帰還。そして時は流れて……。